第一季第一期節目雖然順利播出，但當期視頻後來因嘉賓吳亦凡捲入吳亦凡涉嫌強姦案而在一些平台被下架。
在2019年2月15日播出的第四季節目中，關曉彤和心靈之聲殘疾人藝術團表演的舞蹈《千手觀音》未經許可模仿表演，涉嫌侵權。節目首播一小時後，其著作權人中國殘疾人藝術團為此發表聲明，表示將保留進一步追究法律責任的權利。此次事件引發了網友爭議。2月16日，《王牌對王牌》節目組通過社交媒體賬號發表了《關於舞蹈節目的情況說明》，並公開致歉。[1]
在第四季的第一期、第二期和第四期中，吳秀波曾參與錄製，但由於其出軌陳昱霖事件，吳秀波鏡頭全部被抹掉，吳秀波曾參與的遊戲改由楊迪補拍。[2]
第五季第一、二期雖然順利播出，但當期視頻後來因嘉賓張哲瀚有嚴重不當行為而在一些平台被下架。後來嘉賓趙薇也被下架所有相關視頻。
第五季第三期節目雖然順利播出，但後來因嘉賓鄭爽捲入醜聞，當期視頻在一些平台或下線，或在對鄭爽的鏡頭進行刪除及打碼後重新上線。當季第四期中插入的第三期未播的鄭爽參與的遊戲片段在一些平台也被刪除。
第五季第十期節目雖然順利播出，但當期視頻後來因嘉賓薇婭捲入偷逃稅事件而在一些平台被下架。
電視劇《武林外傳》指控浙江衛視綜藝節目《我們的客棧》和《王牌對王牌》在未獲得任何官方授權的前提下，使用大量改編自《武林外傳》的版權元素用於節目改編，指控其故意侵權[3]。